どうもpukiwiki1.4.6で設置したサイトのカウンターの値が変
./plugin/counter.inc.phpの
$is_yesterday = ($counters[$page]['date']
== get_date('Y/m/d', strtotime('yesterday', UTIME)));
このUTIMEがくせ者らしい。修正はここを削除して
$is_yesterday = ($counters[$page]['date']
== get_date('Y/m/d', strtotime('yesterday')));
とすれば完了。